Родился 14 мая 1975 года в Мукачево в семье физика, будущего ректора Львовского университета Ивана Вакарчука.
Закончил львовскую школу № 4 (с углублённым изучением английского языка) с серебряной медалью. Два года занимался в музыкальной школе по классу скрипки, параллельно изучая игру на баяне.
В школьные года принимал участие в КВН, создании школьного театра, активно занимался баскетболом.

1991—1996 — учился на физическом факультете Львовского университета (специализация — теоретическая физика). Второе высшее образование — экономист-международник.

1996 — поступил в аспирантуру на кафедру теоретической физики того же университета. Тема кандидатской диссертации — «Суперсимметрия электронов в магнитном поле» (позже один из альбомов С. Вакарчук назвал «Суперсимметрия», а одну из песен — «Susy» (аббревиатура от SUperSYmmetry).